Le prime notizie riguardanti il paese risalgono all' epoca romana , prima della quale il territorio era interessato soltanto da insediamenti sparsi. Tuttavia recenti studi farebbero risalire l’origine del toponimo all’età preromana, quando sui territori della bergamasca si insediarono i Galli Cenomani : si tratta comunque solo di ipotesi, non suffragate da ritrovamenti specifici o elementi concreti. La storia documentata invece racconta di ripetuti scontri avvenuti sul territorio nel pieno dell’età medievale, quando in tutta la provincia bergamasca imperversavano le battaglie fratricide tra guelfi  e ghimbellini . Gaverina si trovò coinvolta in modo particolare dato che sull’attuale territorio comunale si trovavano due importanti famiglie, appartenenti ai due schieramenti: nel borgo di Gaverina abitava la famiglia ghibellina dei Giovannelli, mentre nella frazione Piano (in quel periodo separata amministrativamente), posta più a valle, stazionavano i Suardi che assoggettavano gran parte della val Cavallina. Di conseguenza sul territorio vennero costruiti numerosi edifici difensivi volti a proteggere i possedimenti e la popolazione stessa, tra i quali ancor oggi spicca la Torre Suardi. Questa situazione di profonda instabilità sociale e politica terminò con l’arrivo, nel XV secolo, della Repubblica Di Venezia , che emanò una serie di leggi volte ad equilibrare la situazione ed a migliorare la condizione economica degli abitanti di queste zone martoriate da secoli di battaglie. Da questo momento nel paese non si verificarono episodi di rilievo, tanto che Gaverina seguì le sorti politiche del resto della valle. A livello amministrativo è importante annotare che dal periodo della Serenissima i due comuni di Gaverina e Piano furono riuniti in un'unica entità chiamata inizialmente Gaverina con Piano, per assumere poi, nel corso del XX secolo, l’attuale denominazione di Gaverina Terme. Questo grazie alla presenza sul territorio comunale di impianti di imbottigliamento delle acque ed allo sfruttamento termale delle stesse che scaturiscono copiose dal sottosuolo.