Le origini del paese non sono molto chiare, data la mancanza di reperti archeologici che possano dare precise indicazione a suffragio delle varie teorie, la più accreditata delle quali vorrebbe far risalire i primi insediamenti stabili all' epoca romana  Si presume infatti che questo territorio fosse soggetto all'opera di centuriazione riguardante i paesi limitrofi. Il periodo successivo vide l'arrivo dei Longobardi , come indicato da alcuni storici che ritenevano fosse presente, nel VII secolo , una chiesa di culto cattolico con tanto di fonte battesimale. Il primo documento scritto che attesta l'esistenza del borgo risale alla dominazione successiva, ovvero quella dei Franchi  i quali, istituendo il Sacro Romano Impero , diedero vita al feudalesimo . L'atto in questione è datato 949  e riguardava un contratto di permuta inerente beni presenti sul territorio di Fontanella. Tale toponimo dovrebbe derivare dalle molte fontane naturali presenti sul territorio. Nel corso del XII secolo il borgo venne dato in gestione al Vescovo di Bergamo, il quale ordinò la costruzione di un castello volto a difendere il territorio dalle sempre maggiori mire espansionistiche delle potenze vicine. Difatti si verificarono numerosi scontri, inseriti nel contesto delle lotte tra guelfi  e ghibellini  che videro capitolare il paese nel 1266  a favore dei milanesi, dopodiché il castello venne raso al suolo: fu l'inizio di un lungo periodo che vide Fontanella legare le proprie sorti ai reggenti del capoluogo lombardo. Il borgo era anticamente circondato da mura, che resistettero fino alla fine del VXIII secolo , di cui permangono tuttora tracce lungo la circonvallazione, dove è anche visibile parte dell'antico fossato. Ben presto infatti la gestione venne affidata alla famiglia dei Visconti , la quale diede al paese il privilegio di essere considerato terra separata, ovvero un paese indipendente sia in ambito amministrativo, giudiziario e fiscale, pur dovendo rendere conto al Ducato Di Milano . All'inizio del XV secolo  il territorio passò sotto la dominazione della Repubblic di venezia , che inviò un proprio rappresentante a gestire le sorti del paese. Tuttavia il paese rifiutò l'annessione alla città veneta, giurando fedeltà alla città di Milano, che promise a Fontanella il mantenimento dei privilegi acquisiti. Scaturirono numerosi combattimenti che videro passare il paese più volte all'una ed all'altra dominazione, fino a quando nel 1431  i milanesi ebbero la meglio. I secoli successivi videro comunque un progressivo peggioramento delle condizioni economiche degli abitanti, relegando il paese ad un ruolo marginale nella vita sociale e politica della zona. La successiva dominazione francese , instaurata nel 1797 , a cui subentrò poi quella austriaca  nel 1815 , non interessarono direttamente il borgo, che tuttavia venne inserito nel dipartimento facente capo a Bergamo. Le attività rurali, basate basa sull'agricoltura, sull'allevamento e sull'industria casearia, caratterizzarono i decenni successivi, senza che avvenissero eventi degni di nota.