E' con l'anno 774 dell'era nostra che Cenate fa la sua comparsa nella storia.   Prima non si conosce documento che ne parli: se pertanto il Maironi e il Suardi lo chiamano antichissimo villaggio, è sempre di data molto recente, se si paragona ad altri che fanno rimontare la loro origine sino al dominio romano, come Almenno, Stezzano, Alzano, Telgate, per tacer di Bariano che vorrebbe il vanto d'aver dato il nome a Bergamo. E non è col nome di Cenate che fa la sua prima comparsa nei documenti a noi conosciuti, ma col nome di Casco, denominazione conservata anche attualmente in una contrada di Cenate S. Leone: "Regente per Orsone et Sabotino massarii in Cascas" così il Lupi nel documento del 774 del suo Codex Diplomaticus. E nelle note a questo documento il Lupi osserva che la contrada di Casco, è accennata in altre antichissime pergamene. E forse è ancora di Casco che parla la cronaca di Rodolfo notaio nell'anno 790, dove dice che un falso monaco, di nome Odosino, a mano armata invase dalla valle Camonica il territorio di Bergamo, e vi bruciò il monastero di S. Ambrogio con i monaci. Ove si trovasse, così nota il Lupi, codesto monastero, non si può con certezza asserire: un'antica tradizione presso gli abitanti di Cenate lo dice esistente sulla costa del Misma sopra la contrada di S.Ambrogio, e alcuni ruderi di una casa masserizia appartenente al benefizio si vorrebbero attribuire al distrutto monastero, e la chiesa sarebbe dedicata a S. Ambrogio forse per ricordare l'antico distrutto monastero. I ruderi sono pressochè sepolti attualmente sotto la terra dei campi nella località detta Plazzo, e la contrada attuale denominata Odassi verrebbe così denominata per il fatto del famoso monaco Odosino.   Ma poco dopo, nell'830, compare il nome di Cenate in un documento nel quale certa Aucunda, enumerando i beni dal padre suo lasciati a varie chiese e basiliche di questa Diocesi, accenna ad una casa situata in Cenate "Casa sua de Cenate". Altri documenti nominano un Gismondo di Cenate "manibus Gismundi de Cenate", un Trogulfone de vico Cenate, nell'anno 898 un Ansegranus de Cenate, nell'anno 971 un Ardemannus subdiaconus filius quondam Garibaldi de vico Cenate.   Da questo punto il nome di Cenate rimane acquisito alla storia come denominazione dell'intero paese, restando il nome di Casco per indicare una contrada di esso. In epoca medioevale Cenate Sotto appartiene con Trescore e Zandobbio all'imponente sistema fortificato, fitto e scaglionato in profondità che assolveva alla duplice funzione di sbarramento e di difesa delle vie di comunicazione da e per la Valcavallina ed era quindi legato alle possibilità di sbocco della valle nella pianura padana. Le opere di sbarramento seguivano il naturale andamento della serie di collinette, di rialzi, di anfratti scoscesi che costituiscono lo sbocco della valle. Il sistema difensivo bene si presentava anche per la protezione della valle dagli assalti provenienti dalla pianura.   Cenate Sotto, protetto dalla collina allungata sulla sinistra del torrente Tadone, solo strategicamente può dirsi appartenuto al sistema difensivo della Valle Cavallina in quanto assicurava un collegamento diretto con Cenate Sopra, con la strada di Torre de' Roveri e con Trescore. Un'imponente struttura difensiva appartenuta al Castello dei Lupi è ancora oggi individuabile in paese in alcune murature, in torri, in porte difese da feritoie ed in altri particolari costruttivi. In tempi più recenti, esattamente nel 1928, Cenate Sotto, Cenate Sopra e San Paolo d'Argon furono unificati con un decreto della real casa regnante sotto il toponimo di Cenate d'Argon. Ma l'unificazione non piacque a nessuno dei tre paesi e tanto meno alla gente, che al contrario era desiderosa di essere autonoma sia sul piano amministrativo che in quello della gestione. Le richieste di autonomia pare siano state diverse ma si dovette attendere la fine della seconda guerra mondiale, esattamente nel 1948, per l'ottenimento dell'auspicata autonomia.