La storia del paese è ancora avvolta da un velo di incertezza, vista la mancanza di ritrovamenti o di documenti che permettano di datare i primi insediamenti stabili. Si pensa tuttavia che i primi abitanti presenti sul territorio siano stati i Romani, vista la loro presenza in tutto il resto della valle Imagna e della valle Brembana.

	 

	È comunque in epoca medievale che il paese comincia ad assumere una fisionomia ben precisa, con le numerose contrade unite in un'unica entità amministrativa. Fu comunque un periodo molto travagliato, visto che nella zona imperversarono scontri cruenti, molto più che nelle altre zone della provincia bergamasca, tra guelfi e ghibellini.

	 

	Questo per il fatto che la valle Imagna, prevalentemente guelfa, era in netta contrapposizione con l'attigua valle Brembilla, schierata con i ghibellini. In tutta la zona sorsero numerose fortificazioni, e Capizzone si dotò di alcune costruzioni a scopo difensivo.

	 

	I primi scontri videro prevalere i guelfi, tanto che i ghibellini chiesero aiuto ai Visconti, signori di Milano. Questi riuscirono a sconfiggere gli avversari e ad estendere il proprio dominio sulle valli della zona. Il modo con cui infierirono sugli avversari portò i guelfi a cercare più volte la vendetta con ulteriori uccisioni.

	 

	Dopo continui ribaltamenti di fronte il dominio dei Visconti e dei ghibellini fu definitivo, anche se il rancore guelfo dava spesso seguito a rivolte popolari, avvenute anche a Capizzone tra il 1363, ed il 1407, e soffocate con le armi.

	 

	La situazione si rovesciò quando la zona passò sotto il controllo della repubblica di Venezia che, in contrapposizione con i Visconti, sosteneva lo schieramento guelfo. Seguirono distruzioni nei confronti dei possedimenti ghibellini, mentre i paesi guelfi, tra cui Capizzone, ebbero un trattamento di favore come citato in documenti dell'epoca:

	 

	                « I Valdimagnini per la loro integrità della fede e fedeltà alla Repubblica, difendendola contro il Duca di Milano, furono dal Doge con privilegi, grazie e favori arricchiti et onorati »

	 

	(Effemeridi di Padre Donato Calvi)

	 

	Le cronache ci raccontano inoltre che la contrapposizione di Capizzone con il vicino borgo di Brembilla non era dovuta soltanto ai sopraccitati motivi, ma anche al predominio su un territorio posto alla sinistra orografica del torrente Imagna.

	 

	Anche in questo caso le lotte furono molto cruente, con incursioni di entrambi i contendenti nei territori dell'altra comunità. In una di queste spedizioni, effettuata dai brembillesi in territorio di Capizzone, si verificò addirittura la distruzione della chiesa parrocchiale, della quale resta ancora la torre campanaria, discosta dall'attuale edificio sacro ricostruito successivamente. La disputa ebbe termine nel XVI secolo grazie al diretto intervento di Carlo Borromeo, che restituì a Capizzone il territorio in questione.

	 

	Gli abitanti del borgo comunque si contraddistinsero anche nei secoli successivi per la loro animosità, che spesso fu motivo di contrasto tra le numerose contrade che compongono il territorio comunale. Inoltre Capizzone ha avuto un suo illustre cittadino: si tratta di Giacomo Pellegrini, noto poeta dialettale bergamasco.

	 

	I secoli successivi videro pochi fatti di rilievo coinvolgere la piccola comunità che, forte del proprio isolamento, seguì le vicende del resto della provincia senza parteciparvi in modo diretto.