Difficile ricostruire in modo soddisfacente la storia del territorio dell'Isola nel periodo che va dalla preistoria all'Alto Medioevo; scarsa è la documentazione di ritrovamente archeologici che per alcuni periodi è addirittura assente. Le tracce più antiche della presenza umana nell'Isola risalgono al Neolitico. I ritrovamenti in Brembate avvenuti sul finire del XIX secolo nei pressi del Ponte Vecchio vi documentano una presenza abitativa stabile e un'attività di scambi commerciali con gli Etruschi, che probabilmente interessavano anche la zona di Bottanuco, sebbene non vi siano reperti a testimoniare un insediamento.

	 

	Epoca romana

	L'area bergamasca, conquistata all'inizio del II secolo a.C., apparteneva alla Regio XI, la Transpadana. Nel I secolo a.C. il territorio pianeggiante di molte città dell'Italia Settentrionale, tra cui Bergamo, venne coperto dalla centuriazione, cioè una rete di strade e canali di irrigazione che si intersecavano ortogonalmente, delimitando grandi parcelle quadrate di terreno di 710 metri circa di lato denominate centuriæ. Grazie a questo più razionale uso del suolo e all'introduzione di tecniche progredite rispetto a quelle tipiche dell'agricoltura praticate anteriormente, ci fu una sensibile crescita della popolazione residente e si definì un aspetto del territorio e dell'insediamento che ebbe un peso notevole sui successivi sviluppi del popolamento di queste aree. Tra le altre cause anche l'assegnazione di nuove terre nella zona dell'Isola ai veterani di ritorno dalla campagna militare in Gallia al seguito di Giulio Cesare.

	Nel 49 a.C. Giulio Cesare, proconsole della regione, al rientro dalla gloriosa impresa, fece promulgare la lex de civitate Transpadanorum, la legge che confeririva la cittadinanza ai transpadani (tra i quali aveva arruolato migliaia di legionari) e li riconosceva come cittadini romani.

	Di quest'epoca rimangono tracce soprattutto nella conformazione attuale del territorio, che risente ancora fortemente dell'ordinamento introdotto con la seconda centuriazione. In particolare alcune strade odierne ripercorrono ancora gli antichi cardi e decumani romani. Il segno viario più significativo è costituito dalla via Trento che si incrocia con via delle Messi, due tracciati rettilinei tra loro perpendicolari, che insistono sul perimetro centuriale. Pressoché parallele a via Trento corrono le vie Adda (all'inizio), XXIV maggio, Finazzi, Roma, San Giorgio, che si innestano anch'esse ad angolo retto sulle vie Madonnina e Trieste. Inoltre dalla via Trento si diparte in direzione Suisio la vecchia via Manzoni, che non mantiene un percorso rettilineo, ma inizia nel punto di intersezione fra le centurie.

	Alla definizione del territorio con la rete centuriale si accompagnò in epoca romana anche una definizione amministrativa dell'Isola che viene identificata come pagus fortunensis, l'unico fino ad ora documentato nel territorio di Bergamo. Il pagus era un distretto territoriale con funzioni religiose, economiche e di polizia distrettuale, comprendenti più vici, intesi come piccole comunità formate da un agglomerato di case. Bottanuco era con tutta probabilità un vicus, sebbene non si abbiamo documenti scritti o reperti archeologici che avallino l'affermazione, ma alcuni indizi sono presenti (ad esempio) nella conformazione del centro storico. L'edificato è formato da corti aggregate, generate dall'accostamento di singole abitazioni di piccole dimensioni, spesso in moduli ricorrenti e, nelle abitazioni più grandi, come replicazione del modulo base (una casa con portico e loggiato a tre campate) o di parte di esso.

	La sostanziale stabilità, nel corso dei secoli, delle condizioni socio-economiche del territorio, fortemente legato alle risorse agricole, ha mantenuto quasi inalterato l'impianto urbano fino all'esplosione edilizia delli anni '60, permettendo di cogliere ancora oggi alcuni particolari interessanti del processo di formazione del tessuto aggregato.

	 

	Solo ad epoca altomedievale si può far risalire il più antico reperto materiale, riferibile al paese di Bottanuco. Del suo ritrovamento, dovuto, secondo la tradizione orale, a fortuiti lavori di aratura eseguiti nell'Ottocento in località Masatica, parla Giovanni Antonucci in un articolo pubblicato sulla rivista Bergomum, riprendendo la descrizione fatta dallo studioso Paolo Vimercati-Sozzi ai soci dell'Ateneo nella seduta del 14 giugno 1878: "[...] Gran mattone in terra rosso-pallido, portante racchiusa in timbro a forma di croce il nome +SENOALD+ a caratteri in rilievo, preceduto e susseguito da piccole crocette, scritto verticalmente e trasversalmente facendo servire ad uso comune nel duplicato nome la lettera 'O'".

	Il Vimercati-Sozzi non indicò le dimensioni dell'importante cimelio che pare sia andato smarrito. Equale al detto esemplare è la piastrella, pur essa in terracotta rossa di forma quasi quadrata, trovata nel 1893 in occasione di lavori nell'area dell'antico Lazzaretto di Milano, fuori Porta Venezia. Pure in questo secondo esemplare (mm 190x185, altezza delle lettera variabile da 20 a 23 mm), il nome SENOALD è a caratteri in rilievo e ripetuto con disposizione a croce.

	Una terza piastrella (380x300 mm), rinvenuta anch'essa nel territorio di Bottanuco, recante il medesimo marchio, fu conservata dapprima nel salone dell'Ateneo, murata fra le lapidi cristiane, in seguito nel Civico Museo Archeologico di Bergamo.

	Il nome Senoald apparteneva ad un privato ed i caratteri grafici inducono ad attribuire i tre rarissimi esemplari al VII o VIII secolo. I bolli, impressi sui mattoni e su tegole, sin dall'epoca romana erano destinati a contraddistinguerne la provenienza e a certificare l'esistenza di manifatture di laterizi; essendone stati rinvenuti due su tre in territorio di Bottanuco, si suppone che qui vi fosse una fabbrica con monopolio regio. Naturalmente si rimane ancora nel campo della probabilità per quando riguarda la collocazione della fornace, perché si tratta di un ritrovamento sporadico; meglio definito è, invece, il tempo storico, sia per i caratteri sia per il nome longobardo.

	Poiché questi, insieme all'urna cineraria di Bonate Sotto, furono in passato gli unici reperti di epoca altomedievale rinvenuti nell'Isola, rivestono una notevole importanza.

	 

	Altre tracce storiche

	I documenti scritti, risalenti al Medioevo, sono pochissimi, ma sufficienti a testimoniare nel territorio di Bottanuco l'esistenza di un insediamento stabile, residenza spesso di personaggi notabili che compaiono in atti pubblici in qualità di giudici, notai, possidenti o testimoni.

	In più antico sinora conosciuto (anno 879) consiste nel Codice diplomatico della città e della Chiesa di Bergamo, stilato dal canonico Mario Lupo. Nel documento si cita un certo Petronio da Magiatica (la località, oggi Masatica, doveva essere probabilmente un vicus romano ben distinto da Bottanuco) quale testimone di una compravendita di poderi.

	Del 980 è un altro documento, con cui il giudice longobardo Lazzaro, figlio di Lanfranco di Bottanuco, cede alcune terre alla chiesa di Bergamo; nel manoscritto appare per la seconda volta citata anche la località Magiatica. Mario Lupo, in una nota personale, ipotizza anche che Lazzaro sia padre di quel Siwardo che diede origine alla nobile famiglia dei Suardi di Bergamo.

	Nel 1035 un altro documento chiama in causa quale testimone di un atto notarile un certo Benzoni de loco Botanuho.

	L'anno 1042 vede Bottanuco citato in un altro documento di vendita di alcuni terreni.

	La più antica citazione di Cerro è dello storico settecentesco Giovanni Battista Angelini che parlando delle antiche famiglie bergamasche indica nel 1180 un certo Cerri Zambonus ma aggiunge "de Cerro o de Cerete".

	I documenti scritti si fanno poi via via più frequenti, e troviamo una delle località di Bottanuco citata nel 1209, nel 1210, nel 1269, nel 1308, nel 1354, nel 1386, nel 1392.