Il paese vanta una storia millenaria. Risalgono approssimativamente all'anno 1000 le origini di questo borgo posto a mezza costa sul monte Albenza, anche se è presumibile che vi fossero insediamenti umani già molti secoli prima di questa data, come si evince da alcuni ritrovamenti avvenuti nella grotta denominata Buco del Corno, dove sono stati portati alla luce frammenti di ceramica.

	Si presume inoltre che già in epoca longobarda fossero presenti piccoli agglomerati, tanto che il paese originariamente veniva chiamato con il nome di San Michil, in onore al santo venerato dai Longobardi stessi e che tutt'ora è il patrono della parrocchia.

	 

	E' comunque in epoca medievale che il paese comincia ad assumere una fisionomia ben precisa, tanto da essere citato in documenti ufficiali per la prima volta nell'anno 1219. La tradizione vuole che il toponimo prenda spunto dal contesto naturalistico, un grande bosco di betulle (appunto beduletas), che avvolgeva il paese.

	L'epoca medievale vide imperversare nella zona scontri cruenti, molto più che nelle altre zone della provincia bergamasca, tra guelfi e ghibellini. Questo per il fatto che la valle Imagna, prevalentemente guelfa, era in netta contrapposizione con l'attigua valle Brembilla, schierata con i ghibellini. In tutta la zona sorsero castelli e fortificazioni, e Bedulita non fu da meno: a tal riguardo esistono alcuni resti di costruzioni, tra le quali spicca il campanile dell'attuale chiesa, sorto appunto su una torre utilizzata a scopi difensivi risalente ad un periodo compreso tra il XII ed il XIII secolo.

	I primi scontri videro prevalere i guelfi, tanto che i ghibellini chiesero aiuto ai Visconti, signori di Milano. Questi riuscirono a sconfiggere gli avversari e ad estendere il proprio dominio sulle valli della zona. Il modo con cui infierirono sugli avversari portò i guelfi a cercare più volte la vendetta con ulteriori uccisioni.

	 

	Dopo continui ribaltamenti di fronte il dominio dei Visconti e dei ghibellini fu definitivo, anche se il rancore guelfo dava spesso seguito a rivolte popolari, avvenute anche a Bedulita nel 1363, nel 1376 e nel 1407, e soffocate con le armi.

	 

	La situazione si rovesciò quando la zona passò sotto il controllo della repubblica di Venezia che, in contrapposizione con i Visconti, sosteneva lo schieramento guelfo. Seguirono distruzioni nei confronti dei possedimenti ghibellini, mentre i paesi guelfi, tra cui Bedulita, ebbero un trattamento di favore come citato in documenti dell'epoca:

	 

	                « I Valdimagnini per la loro integrità della fede e fedeltà alla Repubblica, difendendola contro il Duca di Milano, furono dal Doge con privilegi, grazie e favori arricchiti et onorati »

	 

	(Effemeridi di Padre Donato Calvi)

	 

	Nel corso degli anni andò acquisendo sempre maggiore prestigio la locale famiglia dei Personeni, che annoverò tra le sue fila illustri personaggi, tra cui spiccano Aurelio, cognato di Papa Clemente VIII, e Cinzio, elevato al porporato.

	 

	Un fatto curioso vide protagonista l'intera comunità nel 1756: in epoca illuminista, il ruolo centrale della chiesa cattolica era messo in discussione dalle teorie del tempo, divulgate nella zona da numerosi adepti. Gli abitanti si riunirono così presso il Ponte Giurino dove giurarono fedeltà alla chiesa romana.

	 

	I secoli successivi videro pochi fatti di rilievo coinvolgere la piccola comunità che, forte del proprio isolamento, seguì le vicende del resto della provincia senza parteciparvi in modo diretto.