L’origine del borgo risale al periodo della dominazione romana, quando venivano utilizzate le grandi risorse minerarie di ferro e zinco della zona.   Qui venne istituito un Vicus, a cui il paese deve l’origine del proprio toponimo: Vicus Minor sta difatti ad indicare l’esistenza di un piccolo agglomerato urbano ( idem Vicus Maior per Vilmaggiore ).   I secoli successivi videro il borgo passare sotto il controllo del Sacro Romano Impero guidato da Carlo Magno, che donò l’intera zona ai monaci di Tours. Questi successivamente la permutarono in favore del Vescovo di Bergamo, il quale diede investitura feudale ai Capitani di Scalve.   Questi ultimi furono di fatto esautorati dalla costituzione dell’Universitas di Scalve, una piccola istituzione feudale molto simile ad una repubblica, che garantiva grandi privilegi agli abitanti ed un’autonomia al limite dell’indipendenza. Questa garantiva l’esenzione del servizio militare, libertà di caccia e pesca, nonché sgravi fiscali e la possibilità di sfruttamento delle miniere presenti in zona. Grazie a queste ultime si sviluppò il commercio, favorito anche dagli scambi con la val Seriana che avvenivano mediante il Passo della Manina, posto a monte delle frazioni di Nona e Teveno.   Con il passaggio alla Repubblica di Venezia, avvenuto nel XV secolo, Vilminore mantenne i privilegi conquistati precedentemente, e venne aggregato nella Comunità grande di Scalve, di cui fu capoluogo.   Soltanto nel 1797, con la fine della Serenissima e l’avvento della Repubblica Cisalpina, acquisì la propria autonomia comunale.   Seguenti modifiche, operate dai vari regimi che si susseguivano nella valle, modificarono i confini territoriali, ma non intaccarono l’autonomia comunale di Vilminore, che restò centro di riferimento per la zona.   La storia recente è stata caratterizzata dal disastro causato dal crollo della Diga del Gleno, posta a monte dell’abitato. Il cedimento, avvenuto il 1º dicembre 1923, riversò una grandissima quantità d’acqua sui piccoli centri abitati sottostanti, provocando la morte di centinaia di persone e causando ingentissimi danni all’intera zona. A seguito di questo tragico evento, per parecchi anni l’economia della valle fu messa in ginocchio, causando un processo di emigrazione dalla valle.