Il territorio comunale di Villa di Serio è interamente situato sulla sinistra orografica della Val Seriana, allo sbocco di essa verso la pianura, ad un’altezza compresa tra i 260 del fondovalle ed i 501 m s.l.m. della costa Ovest della valle Gavarnia, principale rilievo del comune.   Territorialmente è delimitato dal corso del fiume Serio, che lo suddivide a Nord dai comuni di Nembro ed Alzano Lombardo, mentre a Nord-Ovest da Ranica e Nese, frazione di Alzano. A Sud è invece demarcato dal crinale dei monti Bastia (424 m s.l.m.) e del Roccolo (464 m s.l.m.) che sovrastano l’abitato e lo suddividono da Scanzorosciate, comune con il quale condivide anche parte del fondovalle. Infine ad est è il corso del torrente Gavarnia a fungere da limite con Gavarno, frazione di Nembro.   Il nucleo abitativo per secoli è rimasto circoscritto attorno al centro storico, raccolto attorno alla chiesa parrocchiale, eccezione fatta per alcuni edifici rurali (tra cui le cascine Fontana, Frana, Artifoni, Pasini, Pigna e Carrara) posti sulle pendici delle propaggini circostanti, concentrate in località Caselle, e nella piana alluvionale del Serio. Nella seconda parte del XX secolo il paese si è sviluppato arrivando fino quasi agli argini del fiume Serio, ma soprattutto spingendosi verso Sud al punto di fondersi con Scanzorosciate in un grande insediamento abitativo.   Per ciò che concerne la viabilità, il paese è collegato ai vicini comuni tramite una serie di strade comunali, mentre all’esterno dell’abitato si trova la S.P.35, arteria di scorrimento della valle.     La val Capla Per ciò che concerne l’idrografia, oltre al fiume Serio, vi sono anche altri corsi d’acqua che attraversano il territorio comunale. Il più conosciuto, sia in ambito storico che geografico, è il torrente Capla, che solca la piccola omonima valletta che si sviluppa tra il monte del Roccolo e la costa Ovest della valle Gavarnia e che raccoglie le acque di numerosi piccoli rivoli composti dalle acque in eccesso provenienti dai colli stessi. Discosto dall’abitato si trova inoltre il torrente Gavarnia, che percorre l’omonima valle e funge da divisione amministrativa con il borgo di Gavarno. La parte dell’abitato posta sul lato orografico destro infatti ricade nel comune di Nembro, mentre quella ubicata sul lato sinistro prende il nome di Rinnovata e risulta essere l’unica frazione del comune di Villa di Serio.   Notevole importanza è invece attribuibile ad un canale artificiale, denominato roggia Borgogna, che molto ha aiutato lo sviluppo agricolo ed industriale del territorio. Costruita nel periodo compreso tra il XII ed il XIII secolo, prende vita in località Corna dei Dragoni a nord di Villa di Serio nei pressi della centrale idroelettrica Italgen, dopodiché scorre quasi completamente interrata. Ampliata sul finire dell’epoca medievale da Bartolomeo Colleoni, ricopriva un ruolo fondamentale per i possedimenti del condottiero posti presso le campagne della pianura orientale bergamasca, importanza che crebbe nel XIX secolo con l’espansione industriale.