Il territorio di Mozzanica, esteso per 9,33 km², sorge nella Gera d'Adda, in gran parte porzione della bassa bergamasca tra i fiumi Adda e Serio, e sorge sulla sponda destra del secondo. Il nucleo centrale della città sorge a 102 metri sul livello del mare, e, nonostante il territorio faccia parte della media Pianura Padana, l'altitudine varia di ben 18 metri, diminuendo progressivamente nel passaggio della zona nord-est a quella sud-ovest. Il terreno di Mozzanica è d'origine alluvionale, e presenta strati composti principalmente da ghiaia, sabbia e più in profondità anche da arenaria. Dopo il primo strato d'origine alluvionale, il terreno presenta poi strati d'origine quaternaria marina, Pliocene, Langhiano, Acquitaniano ed infine Olocene. La parte orientale del territorio comunale è attraversata da un terrazzamento morfologico che suddivide così il comune in due zone morfologicamente differenti: quella orientale più vicina al Serio risale all'Olocene, mentre quella occidentale che comprende gran parte del centro abitato risale al Pleistocene. L'area dove attualmente sorge l'abitato di Mozzanica era con ogni probabilità abitata già nell'epoca romana, come testimoniano i ritrovamenti di oggetti funerari presso la cascina Donata che fanno pensare ad un cimitero qui collocato. È probabile che un primitivo nucleo abitato esistesse già nel neolitico e fosse costituito da palafitte per meglio fronteggiare le improvvise esondazioni del Serio.   La moderna geologia confermerebbe in effetti che fino a circa 2000 anni fa il territorio della Gera d'Adda non era altro che l'immensa palude denominata Lago Gerundo.   Intorno al IX, X secolo il nucleo urbano si circonda di mura e la vita comunitaria si organizza intorno ad un castello di origine longobarda.   Per avere notizie certe dell'esistenza del borgo di Mozzanica bisogna però aspettare l'undicesimo secolo. Il primo documento che cita il borgo risale al 1018 quando il vescovo di Cremona otteneva, da un prete milanese di nome Giovanni, consistenti beni in Mozzanica rappresentati da prati, vigne, case e boschi. Il comune così passa dall'orbita di Milano a quella di Cremona. Ciò viene formalizzato anche attraverso lo scambio di terre dei vescovi delle rispettive diocesi.   Successivamente questi scambi di terre saranno frequenti, a seconda del passaggio di Mozzanica da una dominazione all'altra. Nel 1189, in un documento, il vescovo di Cremona concede a Mozzanica autonomia amministrativa, che diventa dunque un Libero comune. Già verso la metà del secolo successivo però Mozzanica perde tale autonomia, seguendo quindi lo stesso destino della maggior parte dei comuni.   Il comune decaduto è quindi affidato al conte Egidio da Cortenuova che fa di Mozzanica un covo di ghibellini considerati eretici dal papato. Per questo motivo i milanesi, alleati del Papa, assalirono e distrussero la chiesa e il castello di Mozzanica nel 1269. Le sorti di Mozzanica nel 1300 sono strettamente legate alla lotta per la supremazia nella pianura centrale della Lombardia tra la famiglia guelfa dei Torriani e quella ghibellina dei Visconti. Mozzanica si schiera con i ghibellini che prevalendo sui guelfi annettono la bassa pianura bergamasca.   Dopo il prevalere dei guelfi a Crema nel 1403, essa attaccò e conquistò Mozzanica nel 1407. Iniziò così un lungo periodo di instabilità, in cui il paese passò più volte di mano tra milanesi, veneziani e persino francesi. Un cambiamento si ebbe dopo la Pace di Cateau-Cambrésis, nel 1559, che assegnò il Ducato di Milano alla Spagna.   La comunità mozzanichese, impoverita dalle continue guerre, nel 1578 vende i beni per 27.500 al conte Lorenzo Guidoni di Crema che ne diviene così il feudatario. Successivamente passa di mano a Giorgio Secco nel 1591, che fonda il santuario di Mozzanica, che pone i beni del comune all'asta per venderli, a seguito della morte senza eredi di questi. L'asta è vinta da Giovanni Melzi nel 1628 per 6.500 che ne diviene così l'ennesimo feudatario.   Il dominio spagnolo dura per più di un secolo, durante il quale - nel 1630 - ebbe luogo anche qui la terribile epidemia di peste bubbonica, narrata anche da Alessandro Manzoni ne I promessi sposi. A testimoniare questa fase della storia del paese esiste ancora nella campagna in prossimità dell'abitato un ossario consacrato a Sant'Ambrogio che raccoglie i resti dei mozzanichesi rimasti vittima di questa piaga. Dopo la morte senza eredi del re Carlo II, e la seguente lotta per la successione, la Lombardia passò in mano austriaca. Eccetto la breve parentesi napoleonica, vi rimarrà fino all'unità d'Italia (Regno Lombardo-Veneto), a cui Mozzanica fu unita senza particolari scosse e nella continuità amministrativa.   Nel 1720 ai Melzi succedono i Candiani che divengono gli ultimi signori di Mozzanica. Nel 1740 anche Mozzanica come il resto del Ducato viene investita dall'ondata riformatrice sperimentata da Maria Teresa d'Austria, che inserisce il comune nella provincia di Cremona. I beni dei Candiani passano nel 1780 ai Giani e nel 1806 ai Camozzi.   Con l'invasione napoleonica Mozzanica viene spostata per la prima volta sotto la provincia di Bergamo con la legge dell'8 maggio 1798, ed entra a far parte della Repubblica Cisalpina, anche se dopo il congresso di Vienna torna all'Austria (Regno Lombardo-Veneto).   Nel 1859 Mozzanica entra a far parte del Regno sabaudo nella continuità amministrativa, confermata alla Provincia di Bergamo; dal punto di vista ecclesiale fa comunque tuttora parte della Diocesi di Cremona, i rivoluzionari giacobini non avendo potuto cambiare questo aspetto duecento anni fa.