Citata per la prima volta in documenti del X secolo, come Vicolongo e Vicolungo, ha origini ben più antiche, stando al rinvenimento nella zona di alcuni reperti di epoca romana. Il toponimo deriva dal latino VICUS e dall'aggettivo LONGUS, che probabilmente si richiamano alla particolare conformazione dell'abitato. A lungo divisa nei due comuni di Villongo Sant'Alessandro e Villongo San Filastro, unificati amministrativamente solo nel 1927, nel Medioevo fu dotata di fortificazioni, subendo continue devastazioni durante le lotte fra guelfi e ghibellini. Nel XV secolo, con l'avvento della Repubblica veneta, al pari di molte altre località del territorio bergamasco, ottenne immunità e privilegi. Alle guerre dell'inizio del Cinquecento seguì un periodo di relativa tranquillità, accompagnata da un discreta crescita economica: grazie alla sua posizione geografica, divenne luogo di villeggiatura per molte nobili famiglie. Il patrimonio storico conta varie dimore signorili, tra le quali vanno segnalate: l'ottocentesca villa Agliardi, Maffeis, oggi sede municipale; la villa Passi, del XVII secolo, e la villa Paganoni, di origine settecen tesca. Gli elementi di maggior pregio dell'architettura sacra sono: la parrocchiale di Sant'Alessandro, risalente alla fine del Seicento, con la facciata in stile neoclassico; la settecentesca chiesa intitolata a San Filastro, nella quale è possibile ammirare interessanti dipinti; le antiche chiese di Sant'Alessandro, San Giacomo e Sant'Anna.