Molte sono le teorie avanzate circa l'origine del toponimo: alcuni sostengono che esso derivi dal latino MANIPULUS o dalla voce lombarda "mappa", avente il significato di 'cavolfiore', in relazione alla particolare conformazione dell'altura che sovrasta l'abitato; altri, invece, lo fanno derivare dal termine lombardo "mapell", indicante una pianta erbacea dalle cui radici si estrae una sostanza avente proprietà terapeutiche, o dal latino MAPALIUM, ossia 'capanna', in riferimento alla presenza nella zona di un antico villaggio. Sorta in epoca romana nelle vicinanze della strada militare che da Bergamo conduceva a Como, è citata per la prima volta in un documento del secolo VIII. In seguito rivestì una certa rilevanza strategica ed economica, grazie allo sviluppo del commercio e dell'arte della tessitura, introdotta dai monaci dell'ordine degli umiliati. Di parte ghibellina, fu più volta devastata dai guelfi. Occupata, nella seconda metà del 1300, dalle truppe di Amedeo VI di Savoia, in lotta contro i Visconti, sul finire del XIV secolo subì altre distruzioni a opera delle soldatesche guidate dal condottiero inglese Giovanni Acuto. Teatro, agli inizi del 1400, della guerra tra Pandolfo Malatesta e Filippo Maria Visconti, sotto il dominio veneziano conobbe un lungo periodo di pace, che ne favorì la ripresa economica. Seguendo le sorti della Repubblica Veneta, partecipò attivamente alle vicende risorgimentali: nel 1848 il mapellese Federico Alborghetti fu alla testa di una spedizione contro gli austriaci nel territorio di Palazzago. Oltre a varie torri medievali, sono da ammirare: la parrocchiale di San Michele, della prima metà del XVIII secolo; il santuario di Santa Maria di Prada e varie dimore gentilizie, tra cui il palazzo Colombo Zefinetti Peruta, la villa Scotti e la villa Antona Traversi Gismondi.