Recenti studi hanno appurato che i primi abitanti della zona furono alcune tribù dei Liguri , alle quali succedettero gli Etruschi  prima, ed i Galli Cenomani  poi. Ma fu con la dominazione romana che il paese assunse una fisionomia ben definita: conosciuto come castrum de Arcene aveva sul proprio territorio un accampamento militare stabile che sfruttava la posizione strategica del borgo, posto all'intersezione tra due importanti vie. La più importante di queste congiungeva Milano  ad Aquileia , e caratterizzò la vita commerciale dell'intera zona che ne trasse giovamento. Tuttavia qualche secolo più tardi la stessa strada divenne percorso abituale delle orde barbariche provenienti dal nord-est dell'Europa, portando distruzione e terrore tra gli abitanti locali. La successiva dominazione longobarda garantì una nuova tranquillità e prosperità, che continuò anche con l'avvento dei Franchi  ed il Sacro Romano Impero . A questo periodo risale la prima documentazione scritta che attesta l'esistenza di Arcene: nel 753 si menziona una donazione ad un monastero emiliano  riguardante il borgo di Artinne. Tuttavia l'origine del toponimo non è ancora chiara: si pensa possa derivare dalle parole latine arx (rocca) o agger (bastione), anche se c'è chi sostiene che l'origine sia data dall'etrusco arcena. Da ciò si può dedurre che nel borgo era presente una fortificazione a scopo difensivo di cui, nonostante venga riportata in numerose cronache del tempo, non resta quasi più nulla. I secoli del medioevo  videro Arcene al centro di dispute fratricide tra guelfi   e ghibellini , con scontri spesso dai tragici esiti. In questi anni si alternarono alla guida del paese le famiglie dei Da Mozzo ed i Dalla Bretta, che vennero esautorati nel periodo comunale dalla città di Bergamo, che delegò il potere ai Capitani di Arcene. Dopo un ulteriore passaggio, questa volta ai Vcisconti  di Milano, l'intera zona passò, nel 1428, alla Repubblica  di Venezia

La Serenissima compi numerosi interventi volti al miglioramento delle condizioni sociali e lavorative, dissodando terreni e costruendo canali per l'irrigazione. Tra questi vi era il fosso bergamasco , utilizzato soprattutto per stabilire in modo definitivo i confini territoriali dello Stato da terra di Venezia con il Ducato Di Milano . Questo lambiva anche il territorio di Arcene, delimitandolo a sud-ovest. Da allora il paese ha mantenuto una forte connotazione e tradizione rurale, con l'agricoltura e l'allevamento del baco da seta attività predominanti. Tuttavia in questi anni il paese, posto nelle vicinanze del confine con i territori di Milano, dovette subire scorrerie dei vicini, intenzionati a riprendersi questi territori. Un po' di tranquillità si ebbe con l'avvento della dominazione ustriaca a cui subentrò, nel 1859 , il Regno D' Italia . Nel corso del XX secolo  il paese ha visto un notevole incremento demografico, ed un sostanziale cambiamento della vita lavorativa: all'agricoltura subentrarono prepotentemente l'industria ed il terziario, relegando il lavoro nei campi a parte minoritaria.