Le prime testimonianze scritte risalgono all'alto medioevo: nell'anno 856 è documentata la famiglia feudale Da Villa, nel 941 vengono ricordati l'azienda agraria (curtis) e il castello. Gran parte delle località oggi esistenti appare a partire dal XII secolo: accanto ai Da Villa si trovano infatti insediate numerose altre famiglie dotate di cospicui patrimoni e residenze fortificate con circuiti in pietra e torri. Il prevalere delle esigenze difensive avrebbe determinato un caratteristico paesaggio, fittamente dominato dalle emergenze fortificate, in parte ancora leggibile. In quel contesto complesso e conflittuale si colloca l'intervento del Comune di Bergamo dell'11 luglio 1193, con il quale Villa d'Adda veniva riconosciuta Borgo Franco, i suoi abitanti equiparati a quelli della città e beneficiati delle rendite di un mercato settimanale. La particolare condizione istituzionale si sarebbe conservata fino al Trecento e si esprimeva in un organismo comunale compiuto, con le figure del Console, del tesoriere (Caneparius) e delle guardie agricole (Camparios); nel 1320 si stipendiava anche un'autorità militare, il Capitano Giovanni Colleoni. Come i paesi vicini, Villa d'Adda non potè sottrarsi alla quotidiana violenza delle lotte di fazione; nel 1398 ospitò l'esercito ghibellino e impedì il passaggio dell'Adda a Giovanni Acuto, ma subì ripetuti incendi e devastazioni da parte dei Gielfi di Val San Martino. Con la definitiva pacificazione ed il passaggio alla Repubblica di Venezia (1428) si ristabilirono i rapporti sociali, aprendo un periodo di rinnovato impegno e di ripresa economica, tangibilmente espresso nella ricostruzione di Sant'Andrea. La comunità fu vivamente partecipe alle inquietudini religiose del XV secolo, con il tentativo di insediare (1523) i Terziari Francescani e con la costituzione della chiesa di San Giovanni, cui si doveva associare un ospedale. Villa d'Adda fu sempre il maggiore Comune dell'Isola: nel 1590 contava 688 abitanti, 800 nel 1610, 1200 nel 1815. Decimata dalla peste del 1630, conobbe una nuova ripresa economica nel XVIII secolo, fondata sulla specializzazione nella bachcoltura e nella filatura della seta. Nel XIX secolo vi si contavano nove filande, che occuparono la maggior parte della popolazione fino agli inizi del secolo successivo.