I primi agglomerati urbani presenti sul territorio risalgono al periodo della dominazione romana , come si evince da antiche testimonianze archeologiche rinvenute nel paese, tra le quali spicca per importanza un frammento di epigrafe romana, ora murata nella facciata posteriore della casa parrocchiale. Anche il toponimo dovrebbe trovare origine in questo periodo, derivando da virides, che indicherebbe, con l’aggettivo verde, la presenza di numerosi e grandi prati. Tuttavia recenti studi vorrebbero far risalire l’origine dei primi insediamenti all’epoca dei Galli Cenomani , basandosi sul suffisso del nome vir-, di probabile matrice celtica. Per trovare i primi documenti scritti in cui si attesta l’esistenza del nome bisogna aspettare l’anno 1010, quando si menziona il luogo di Verdello Minore. Nel XIV secolo  i confini di Verdellino si presentavano simili a quelli odierni, ma il territorio venne interessato dai violenti scontri tra guelfi e ghibellini . In questo ambito grande rilevanza ebbe l’attacco perpetrato da Bernabò Visconti  il 22 marzo 1358 , nel quale venne incendiato il borgo di Verdellino, unitamente ai vicini di Comun nuovo e Verdello. Difatti le proprietà comunali di Verdello Minore erano ad appannaggio della ghibellina famiglia suardi , in netta contrapposizione con i vicini di schieramento guelfo: a tal riguardo sul territorio sorsero numerose fortificazioni, tra cui un castello. Nel 1408  la questione venne risolta a favore dei Suardi, grazie a Pandolfo Ma latesta , che rese gran parte delle terre di Verdello Maggiore alla famiglia stessa. La situazione venne risolta definitivamente dall’arrivo della Repubblic di Venezia  nel 1428 , la quale emanò una serie di decreti volti a risollevare la situazione sociale ed economica. In una lettera del 1596  si descriveva Verdel Piccolo come un piccolo paese di 330 anime, 49 famiglie tutte dedite all'agricoltura, con conseguente situazione di grande povertà. Nei secoli successivi il paese, dopo aver assunto l’attuale denominazione di Verdellino, passò, nel 1797, alla Repubblica Cisalpina . Questa ebbe vita breve, tanto che nel 1815  venne sostituita dagli Austriaci , che inserirono Verdellino e la provincia di Bergamo nel Regno Lombardo Veneto . L’ultimo passaggio avvenne nel 1859 , con la formazione del Regno D' Itlaia

	Il paese non visse eventi di particolare rilievo fino all’immediato secondo dopoguerra, quando una zona posta ai margini del territorio comunale (comprendente anche terreni di altri paesi limitrofi) fu interessata da un progetto di urbanizzazione ed industrializzazione che prevedeva la creazione di un nuovo centro industriale con 50 000 abitanti, chiamato Zngonia . Il progetto fallì parzialmente, poiché rimasto incompiuto.