L’origine del borgo, intesa come insediamento stabile, risale al periodo della dominazione romana , quando venivano utilizzate le grandi risorse minerarie di ferro e zinco presenti nella zona. Tuttavia pare che nella zona fossero già presenti piccole tribù di Galli Cenomani , come testimonia un masso, sito in località Pià Sèrsegn, che si pensa fosse utilizzato dai druidi  per i riti magici. Non è però dato sapere se vi fossero insediamenti stabili o se la zona venisse utilizzata solo occasionalmente per tali riti. I secoli successivi videro il borgo passare sotto il controllo del Sacro Romano Impero guidato da Carlo Magno , che donò l’intera zona ai monaci di Tours . Questi successivamente la permutarono in favore del Vescovo di Bergamo, il quale diede investitura feudale ai Capitani di Scalve. Questi ultimi furono di fatto esautorati dalla costituzione dell’Universitas di Scalve, una piccola istituzione feudale molto simile ad una repubblica, che garantiva grandi privilegi agli abitanti ed un’autonomia al limite dell’indipendenza. Questa garantiva l’esenzione del servizio militare, libertà di caccia e pesca, nonché sgravi fiscali e la possibilità di sfruttamento delle miniere presenti in zona. Con il passaggio alla Repubblic di Venezia  avvenuto nel XV secolo , Schilpario mantenne i privilegi conquistati precedentemente, ma venne aggregato nella Comunità grande di Scalve. Soltanto nel 1797 , con la fine della Serenissima e l’avvento della RepubblIca Cisalpina , acquisì la propria autonomia comunale. Seguenti modifiche, operate dai vari regimi che si susseguivano nella valle, modificarono i confini territoriali, ma non intaccarono l’autonomia comunale di Schilpario, che visse nella tranquillità della valle fino ai giorni nostri.