Ponte San Pietro sorge sulle rive del fiume Brembo, che divide il paese in due zone ben distinte. Distante circa 7 chilometri a ovest dal capoluogo orobico e viene considerato il primo paese provenendo da Bergamo dell'area chiamata Isola, zona geografica comprendente 21 comuni suddivisa dalle acque dei due principali fiumi, Adda e Brembo, e dalla netta divisione delle valli e montagne orobiche antistanti.   Si ritiene che il nome prenda origine dalla presenza di un piccolo ponte sul Brembo e dell'annessa piccola chiesa dedicata a San Pietro nell'881, tramite una scrittura notarile riportante "Basilica Sancti Petri sita ad pontem Brembi". Ponte San Pietro, sin dalle origini, restava comunque una zona di passaggio in un punto del letto del Brembo difficile da attraversare in barca: pertanto solo 200 anni dopo incominciarono i primi insediamenti da una parte del fiume (S. Petri de là) all'altra (S. Petri de za).   Manfredino De' Melioratis, negli ultimi anni del XIII secolo, costruì un castello nell'attuale centro storico, insediamento poi distrutto dai veneti agli inizi del Settecento. Parte dei materiali demoliti furono riutilizzati per erigere sulla primissima chiesetta campestre, quella che dal popolo sarà sempre ricordata come "Chiesa vecchia". Questa chiesa ha permesso di ricostruire alcune vicende storiche del paese, avendo conservato per secoli alcuni scritti e sepolture soprattutto nel periodo della peste.   Sempre nel Settecento a Sottoriva di Locate frazione di Locate fu eretta la Villa Mapelli Mozzi, una residenza di stile neoclassico molto simile alla più famosa Villa Reale di Monza; venne ampliata nella sua attuale forma (il cantiere per la costruzione era pienamente attivo e perciò il progetto completamente definito) nel 1773 (il Conte Enrico Mozzi "alzava"), antecedentemente, quindi, alla Villa Reale di Monza. All'interno si possono ammirare decorazioni ad affresco di Vincenzo Angelo Orelli, ad esempio l'Homo faber suae fortunae, e di Paolo Vincenzo Bonomini.   Nel 1934 fu invece completata, in un altro punto del paese, la chiesa dedicata ai santi Pietro e Paolo. Tale chiesa si differenzia da quella vecchia soprattutto per le dimensioni e per il campanile molto alto, che divenne in quel periodo il centro di incontro cristiano sia per la popolazione del posto, sia per tutta l'Isola bergamasca.   Sia nella prima che nella seconda guerra mondiale, Ponte San Pietro fu spesso bombardata a causa dei suoi ponti (ferroviari e stradali) che permettevano l'approvvigionamento di materiale bellico tra Bergamo e Milano. I ponti rimasero illesi, mentre gran parte del territorio circostante fu devastato delle bombe lanciate dagli aerei.